Órgano desconcentrado de la Secretaria de Salud de Tlaxcala por decreto de creación publicado en el Periódico Oficial de Gobierno del Estado de Tlaxcala el 7 de agosto de 2006, con autonomía técnica, administrativa y operativa cuyo objeto es ejercer las atribuciones en materia de regulación, control, fomento sanitario y la protección de la población frente a riesgos sanitarios derivados de la exposición a factores químicos, físicos y biológicos nocivos para la salud conforme a lo previsto en la Ley General de Salud, Ley de Salud del Estado de Tlaxcala y demás normativa aplicable.

La creación de la Comisión Estatal fue resultado de la necesidad estatal de estar acorde con el Sistema Federal Sanitario y permitir a la ciudadanía contar con  una organización que conjugara acciones regulatorias y no regulatorias, vinculadas a resultados de impacto en la salud de la población tlaxcalteca mediante la protección contra riesgos sanitarios con acciones dirigidas a dos tipos de usuarios: la población susceptible de exposición de un riesgo sanitario y la industria regulada, operatividad  que a su vez implica  funcionar por procesos y  fortalecer  las materias a través de su especialización.